В "дев'яноста дев'ятої" може бути встановлений двигун одного із двох типів: 1, 5 літра зі стандартним карбюраторним упорскуванням і 1,5 з інжектором для більш економічної витрати палива. Для кожного із цих типів двигуна передбачено три моделі з різним рівнем комфортабельності салону й доповненнями. Це "стандарт", "норма" і "люкс". Моделі з інжекторним двигуном оснащені спеціальною системою нейтралізації відпрацьованих газів. По цьому параметру ВАЗ 21099 готовий нарівні суперничати з найкращими європейськими автомобілями. Задня частина кузова ВАЗ 21099 подовжена на 20 сантиметрів у порівнянні з іншими машинами цього типу, що дозволяє більш універсально й практично використовувати машину для перевезення вантажів.
